根據DNA擴增的目的和檢測的標準，可以將PCR儀分為普通PCR儀，梯度PCR儀，原位PCR儀，實時熒光定量PCR儀四類。

1. 普通PCR儀

一次PCR擴增只能運行一個特定PCR儀分類退火溫度的PCR儀稱作傳統(tǒng)PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是用于簡單的、對目的基因退火溫度的擴增。該儀器主要應用于科學研究、教學、醫(yī)學**、檢驗檢疫等機構。

2. 梯度PCR儀

一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度，通常有12種溫度梯度）的PCR儀稱作梯度PCR儀。因為被擴增的不同DNA片段，其**適退火溫度是不同的，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增，就可以篩選出表達量高的**適退火溫度，進行有效的擴增。用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節(jié)約成本的同時也節(jié)約了時間。梯度PCR儀在不設置梯度的情況下也可以做普通PCR擴增。主要應用于科研、教學機構。

3. 原位PCR儀

用于從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀稱作原位PCR儀。如病源基因在細胞的位置或目的基因在細胞內的作用位置等。是保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在位置上進行基因擴增。不但可以檢測到靶DNA，又能標出靶序列在細胞內的位置，對于在分子和細胞水平上研究疾病的發(fā)病機理和**過程及病理的轉變有重大的實用價值。主要應用于**、科研。

4. 實時熒光定量PCR儀

在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)的PCR儀稱作熒光定量PCR儀。其PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統(tǒng)得出量化的實時結果輸出。把這種PCR儀叫做實時熒光定量PCR儀（qPCR儀）。熒光定量PCR儀有單通道、雙通道和多通道。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記的目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同目的基因片段的量。主要用于醫(yī)學**檢測、生物醫(yī)藥研發(fā)、食品行業(yè)、科研院校等機構。

根據DNA擴增時升溫介質的不同可以將PCR儀分為：變溫鋁塊式PCR儀、水浴式PCR儀和變溫式流式PCR儀。

1. 變溫鋁塊式PCR儀

熱源用電阻絲、導電熱膜、熱泵式珀爾帖半導體元件制作，讓帶有凹孔的鋁塊升溫，用自來水、制冷壓縮機或半導體降溫。優(yōu)點：溫度傳導快，各管的擴增一致性好；反應管規(guī)格一致時無須外涂石蠟油；可用微電腦調節(jié)溫度轉換；儀器制冷部件可以在完成擴增后降溫**4℃，保存樣品過夜。缺點：管內反應液溫度比鋁塊顯示PCR儀分類溫度滯后；須使用特制且與鋁塊凹孔形狀緊密吻合的薄壁耐熱反應管；變溫時難以快速克服鋁塊的熱容量；壓縮機制冷啟動慢、重量大、滯后時間長。

2. 水浴式PCR儀

儀器本身有3個不同溫度的水浴，用機械裝置將帶有反應管的架子移位和升降溫度，使溫度循環(huán)。優(yōu)點：水為傳熱介質，溫度易恒定，熱容量大；反應管形狀無特殊要求，溫度轉換較快擴增效果穩(wěn)定；具有較高的運行效率，擴增產物特異性好。缺點：高溫浴不穩(wěn)定，水面需用液體石蠟覆蓋；改變水浴溫度所需時間較長，不易實施復雜程序（如套式PCR）的操作，儀器體積較大；室溫影響溫度下限。

3. 變溫式流式PCR儀

依據空氣流的動力學原理，以冷熱氣流為介質升降溫度。優(yōu)點：變溫迅速，擴增效果好，適合于微量、快速PCR；反應器不受形狀限制，管外無需涂液體石蠟；測定管內液體溫度作為控溫依據，顯示溫度真實可靠；易于用微電腦設定復雜的變溫程序；易于制成重量較輕的便攜式儀器，適合外出作業(yè)。缺點：以室溫為溫度下限，低溫難控制，對空氣流的動力學要求較高，需精心設計才能使各管溫度均勻。